เมฆแมเจลแลนเป็นที่รู้จักกันมานานแล้วตั้งแต่ยุคโบราณในตะวันออกกลาง การอ้างอิงถึงเมฆแมเจลแลนใหญ่ครั้งแรกทำโดยนักดาราศาสตร์ชาวเปอร์เซียชื่อ อัล ซูฟี ในหนังสือ Book of Fixed Star ที่เขาเขียนในปี ค.ศ. 964 เรียกดาราจักรนี้ว่า Al Bakr ซึ่งหมายถึง "แกะแห่งอาหรับใต้" ทั้งยังระบุด้วยว่าทางตอนเหนือของคาบสมุทรอาหรับกับในแบกแดดไม่สามารถมองเห็นดาราจักรนี้ แต่จะมองเห็นได้จากช่องแคบบับเอลมันเดบที่ละติจูด 12°15' เหนือ
ในยุโรป คณะสำรวจของเฟอร์ดินานด์ มาเจลลัน เป็นผู้แรกที่สังเกตเห็นเมฆนี้ในระหว่างการแล่นเรือรอบโลกระหว่างปี ค.ศ. 1519-1522 โดยมีการบันทึกไว้โดยอันโตนีโอ ปีกาเฟตตา อย่างไรก็ดีการเรียกชื่อเมฆเหล่านี้ตามนามสกุลของมาเจลลันยังไม่เป็นที่แพร่หลายนักจนเวลาผ่านไปอีกนาน ในรายการดวงดาว Uranometria ของไบเออร์ นักดาราศาสตร์ชาวเยอรมันเรียกเมฆทั้งสองนี้ว่า "นูเบคูลาใหญ่" (Nubecula Major) และ "นูเบคูลาเล็ก" (Nubecula Minor) แม้ในแผนที่ดาวฉบับปี ค.ศ. 1756 ของลาซายล์ นักดาราศาสตร์ชาวฝรั่งเศส เมฆทั้งสองนี้ก็ยังมีชื่อว่า "Le Grand Nuage" กับ "Le Petit Nuage" (ภาษาฝรั่งเศส มีความหมายว่า "เมฆใหญ่" และ "เมฆเล็ก" ตามลำดับ)
de Lacaille, N. L., (1756) "Planisphère contenant les Constellations Célestes", Mémoires Académie Royale des Sciences pour 1752. (Linda Hall Liblary, Retrieved on 2009-09-05)