สาขานักแสดงสมทบหญิงยอดเยี่ยม ประเภทดราม่าซีรีส์ 2021 จากเรื่อง The Crown
จิลเลียนเริ่มบทบาทการแสดงตั้งแต่สมัยไฮสคูลโดยการเป็นสมาชิกของชมรมการแสดง เธอโปรดปรานการแสดงละครเวทีอย่างมากจนกระทั่งปี 1987 จึงได้เข้าศึกษาระยะสั้นในมหาวิทยาลัยคอร์เนล ไอธากา นครนิวยอร์ก (Cornell University in Ithaca, New York) ในหลักสูตรการแสดง นานาชาติภาคฤดูร้อนของบริเตนใหญ่ (National Theatre of Great Britain Summer Acting Programme) ไม่กี่สัปดาห์หลังจากที่ได้ศึกษากับปีเตอร์ เชลสัม (Peter Chelsom) บาร์ดี้ โธมัส (Bardy Thomas) และมิเชล จอยซ์ (Michael Joyce) เธอจึงตัดสินใจที่จะเข้าศึกษาต่อยังโรงเรียนการแสดงละครกูดแมนแห่งมหาวิทยาลัยเดอพอล (Goodman Theatre School at DePaul University) ณ เมืองชิคาโก รัฐอิลินอยส์
เริ่มอาชีพการแสดงจากละครเวที แอนเดอร์สันประสบความสำเร็จในระดับนานาชาติจากบทเจ้าหน้าที่พิเศษ ดานา สกัลลี (Dana Scully) ในซีรีส์โทรทัศน์อเมริกันเรื่อง The X-Files (ชื่อภาษาไทย: แฟ้มลับคดีพิศวง)ในการออกฉาย 10 ฤดูกาล ตั้งแต่ปีค.ศ.1993 ร่วมกับเดวิด ดูคอฟนีย์ (David Duchovny) ผู้รับบทเจ้าหน้าที่พิเศษ ฟ็อกซ์ มัลเดอร์ (Fox Mulder) จิลเลียน แอนเดอร์สันได้รับรางวัลเอมมีรางวัลลูกโลกทองคำรางวัลแซกอวอร์ด ผลงานด้านภาพยนตร์ของเธออย่างเช่นเรื่อง The House of Mirth (2000), The Mighty Celt (2005), The Last King of Scotland (2006), และภาพยนตร์ดิเอ็กซ์-ไฟล์ 2 เรื่องคือ The X-Files (1998) และ The X-Files: I Want to Believe (2008) เธอยังเคยได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลบาฟต้า, รางวัลเอมมีและรางวัลลูกโลกทองคำจากบท เลดี้ เดดล็อกในรายการโทรทัศน์ดัดแปลงช่องบีบีซีเรื่อง Bleak House (2005)